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日本大学分为国公立大学和私立大学。
比如东京大学、京都大学就是国立大学，东京都立大学就是公立大学，而早稻田大学、庆应义塾大学就是私立大学。
在申请日本读研时，国公立大学基本上都有研究生制度（修士预科），而很多的私立大学是没有的，需要直接申请修士。但是也有些私立大学是有研究生制度的，所以在申请的时候具体要看学校的申请要求。研究生申请也分为教授内诺制和选考制，还有些是内诺加选考，其中教授内诺制是最简单便捷的申请方式的。如果意向国公立大学通过研究生申请读研是最好的方法。如果没有研究生制度的私立大学，可以通过语言学校过渡直考，也可以直接申请，具体根据学校的具体要求而定。
国公立大学和私立大学还有个最大的不同之处，就是学费。私立大学的学费要贵很多，并且私立大学的各专业学费也不同，尤其医学类专业，学费相对其他专业更贵一些。
